O deja el manager que tienes en 3.41 instalado, actualizas al CFW que quieras, instalas un manager nuevo que sirva en 3.55 y luego desinstalas el otro.
Esto solo te servirá si los backups los tienes en una carpeta diferente a la de la instalación del manager, por ej. en HDD0/GAMEZ, porque si están dentro de la carpeta del manager, sí que te los borrará, y deberías entrar por FTP y moverlos de sitio.