Usa el MKVMerge, que viene en el MKVToolnix. Una vez instalado abre la pelicula en cuestion, selecciona los idiomas/subtitulos que quieras y luego le das abajo a "Start Muxing", asi te lo pasara a matroska sin problemas.
Tambien puedes cortar la pelicula ya sea por intervalo de tiempo o por tamaño, eso lo haces en la pestaña "Global", activando la opcion "Enable Splitting". Otro problema que suelen traer algunas pelis es la desincronizacion de audio/video. Puedes arreglar esto al seleccionar con el raton la pista de audio, luego le das abajo a la pestaña "Format Specific Options" y en delay pones los milisegundos que quieres que se retrase el audio o que se adelante (en este caso añadiendo el - (menos) delante del numero).
Sl2
