Por lo que dices quieres cambiar el sistema de archivo sin perder los datos eso es muy complicado si no imposible, ya que el sistema seguro de NTFS no te permite hacer ciertas acciones, no se si con el instalador de win XP por ejemplo te deje hacer esa accion ya que solo M$ tiene los permisos para administrar este tipo de codigo NTFS.
Lo que te sugiero es que con el Partition Magik puedas disminuir el tamaño de tu particion NTFS (si el Disco Duro te da) y con el espacio que te quede crees una particion Fat32 luego en esta vacia los datos que encuentres necesarios y luego de ello elimina la particion NTFS con P.M. y extiende la particion Fat32 al total del disco duro.
Esto es una solucion parche, ya que si tienes como respaldar los datos en CD o en otro PC. mejor y meterle borron y cuenta nueva... es mejor
Saludos desde Chile