Hola, por si a alguien le interesa, he encontrado un programa que lo hace, se llama road video tools, es muy sencillo de usar.
El unico problema es que el archivo de salida aumenta mucho de tamaño, un .mov de 5Mb me lo ha convertido en un .avi de 80Mb.
Si alguien lo ha usado y sabe como configurarlo mejor....
Un saludo.