Lo único que se me ocurre, es que elimines los datos sobrantes con un editor hexadecimal, ya que supongo que esos datos seran redundantes y con casi seguridad, el mismo dato una y otra vez (normalmente 0).
En el editor solo tendrías que seleccionar desde donde empiece a repetirse, hasta donde deje de hacerlo, por el tamaño, casi 2 tercios de la imagen, y borrarlo.
Vamos, así a voz de pronto es lo único que se me ocurre.
y bueno, no estoy seguro ya que no lo he usado mucho, pero ¿has probado a pasarlo por fstfix con la opcion f? Es posible que te lo arregle, ya que la imagen de 3gb esta hecha con fstfix.