Bueno, esto tiene una solucion facil
Vas al no$gba.ini (archivo de configuracion del emulador) y buscas donde ponga save type
Por defecto en teoria te viene "Compressed". Cambialo a "Raw" y listos
Una vez puesto a raw, deberas entrar en cada juego y guardar una vez, para que el nuevo formato surta efecto. Una vez cambiado el formato, en teoria ya son compatibles con el r4
Por ultimo, si el r4 es tan identico al m3 simply como dicen, ademas de esto supongo que en las partidas mas pequeñas de 512Kb tendrias que pasarle un conversor que hay por ahi, que basicamente rellena las partidas de menor tamaño de informacion vacia hasta llegar a ese tamaño, y ahi ya lo tendrias
PD: Si te aclaras y lo consigues dilo aqui, y si no te aclaras o te pierdes en algun momento tambien xD