Umm bueno, yo creo que lo pasa es que los saves que se baja, no estan en formato .nds.sav como son los que usa la supercard. Cada cartucho usa un tipo de save (tengo entendido)
Solucion... prueba a renombrar el save, poniendole el mismo nombre que el juego, con extension .nds.sav de forma que quede juego.nds.dsq y juego.nds.sav
Si aun asi no te funciona, tendras que buscar en que formato esta el save, y si hay forma de pasarlo al formato supercard.
Saludos