Bueno, ya hemos acotado el problema
.
A) Para lo de los archivos.
Si solo quieres bajar archivos lo más sencillo es montar un servidor http, por ejemplo apache.
Si quieres subir y bajar achivos lo más sencillo es usar un servidor FTP. Te creas una cuenta de usuario y listos.
Yo te recomendaría casi mejor tirar directamente de servidor FTP, pero eso ya es como tú veas. Si quieres que el contenido sea accesible para mucha gente (y que accedan sin clave) yo lo haría por http.
Si tienes ip dinámica tendrás que acceder de alguna manera desde la universidad a tu ordenador. Escribí un tuto que quizá te venga bien:
http://raulex.homelinux.net/?q=node/5
http://www.elotrolado.net/showthread.php?s=&threadid=289936
http://zamorate.homelinux.net/eol/tiki-index.php?page=Dominios+en+DYSDNS.ORG+con+ip+dinamica+bajo+linux
B) Para lo del mldonkey
El mldonkey es controlable via web y con GUI desde el exterior, pero tienes que indicarle el nombre de la maquina o la IP del ordenador desde el que lo vas a controlar. Si puedes acceder a varios pc's en la universidad no podrás saber desde donde accedes y por tanto no podrás controlarlo via web ni con GUI
Yo lo controlo (bueno, rara vez lo he hecho) desde la propia consola de mldonkey. Para ello te tienes que montar primero un servidor ssh en tu máquina.
Si no es por necesidad no te recomiendo hacerlo porque es un poco movida, no porque haya que meter un servidor ssh sino porque la consola del mldonkey no es muy agradable de usar y aparte tienes que saberte al menos un par de comandos para poder trastear con ella.
Si tienes más dudas pregunta.
Saludetes