Efectivamente, como bien dices, la unidad es E:. He tenido un lapsus, y he bailado la letra de la unidad.
Respecto a la actualización... Pues yo la he hecho con la consola arrancada y con el XBMC cargado. A mí también me sorprendió que no diera errores de escritura, pero al final se completó toda la operación sin errores.
De hecho, tenía la consola en el menú principal del XBMC, y estaba conectado al FTP... Posiblemente estuviera cargado en memoria, y por eso me dejó sobreescribir, pero no te lo podría asegurar. El caso es que me dejó sobreescribir teniendo la consola arrancada.
Y respecto a realizar una copia de seguridad, yo hice una copia de seguridad de la carpeta completa del XBMC por si acaso, pero luego no me hizo falta restaurar nada de la versión antigua, ya que mi versión era de hace un par de años, y es compatible con la última compilación disponible para la XBox.
Un saludo.