El eboot del 3.03OE, así como todos los eboot's de los CF de DAX, son el isntalador, que desempaqueta el DATA.DXAR, y creea y acomoda los archivos que vienen en ese .dxar; así como poner otros archivos que le dicen al sistema como operar (vshmain.prx, etc)
Si quieres meter los archivos directamente a la flash, con el fin de pasar de un CF a otro, lo más seguro es que vayas por el camino a brickear tu consola, pues si borras alguna carpeta fundamental como la KD, la has cagado.
Te recomiendo hacerlo con el DATA.DXAR y el Eboot del flasheador desde el recovery, que es lo más rápido, pero vamos, es casi igual a hacerlo desde game, y luego el flasheador.
saludos