Mirate la FAQ q hay en el foro al respecto y te resolvera muchas dudas.
Te comento asi a grandes rasgos como va la cosa y si tienes dudas concretas preguntalas y te ayudaremos en lo q podamos.
Tienes por un lado un cartucho regrabable llamado FAC y por otro lado tienes el aparato, llamado FAL, q se conecta al PC q permite escribir y leer de ese cartucho.
En el FAL puedes meter un cartucho tuyo original y a traves del software de windows puedes copiar su contenido a un fichero de extension GBA. Eso seria crear el fichero ROM del juego.
Si por el contrario lo q quieres es grabar ese FAC con algun juego cuya ROM ya tengas, bien pq la hayas creado tu a partir de un original o bien pq haya llegado a tus manos quien sabe como (inet, amigos, etc ...), a traves de el mismo software q trae el aparato puedes hacerlo.
Lo bueno q tiene sobre todo es q el tamaño del FAC es mayor q los originales (salvo FACs antiguos) y de ese modo puedes tener varios juegos (depende del tamaño del FAC y de los juegos q quieras meter) en un unico cartucho.
Saludos