De msdos ni idea pero si tienes acceso a linux, hay varias formas, seguro que hay muchas más de las siguientes.
Por ejemplo, para mover los primeros 5000 archivos a otra carpeta:
$ find . -maxdepth 1 -type f | head -5000 | xargs cp -t dir_destino
Para mover todos los archivos que superen los 100MB individualmente:
$ find . -maxdepth 1 -type f -size -100M | xargs cp -t dir_destino
Si quieres separarlos por tamaños, puedes repetir el comando anterior cambiando los tamaños y los directorios de destino, por ejemplo primero para los de menos de 1MB, luego para los de menos de 10MB, etc.
Para eliminar los archivos menores de 20KB:
$ find . -maxdepth 1 -type f -size -100k -delete
