varias opciones:
crackge@serv crackge $ uname -a
Linux serv.tardor.now 2.4.20-gentoo-r5 #2 SMP Thu Jun 19 22:40:21 CEST 2003 i686 AMD Athlon(tm) XP 1700+ AuthenticAMD GNU/Linux
crackge@serv crackge $ ls -l /usr/src/linux
lrwxrwxrwx 1 root root 22 Jun 15 12:59 /usr/src/linux -> linux-2.4.20-gentoo-r5
Si no coinciden es porque has hecho alguna perreria, el que esta corriendo actualmente es el del uname. El enlace deberia estar apuntando al kernel sobre el que vas a compilar, sobretodo si necesitas poner los drivers de nvidia o cualquier otra cosa que necesite compilacion sobre las sources del kernel
Saludos