No creo que hayas borrado el contenido de C y E para instalar el EvolutionX, puesto que no hay porque hacerlo, asi es que haz la copia de seguridad ahora, excepto de las carpetas y ficheros propios del EvolutionX que has metido en C.
Si para instalar el EvolutionX renombraste el xboxdash.xbe a msxboxdash.xbe y el default.xbe del EvolutionX a xboxdash.xbe acuerdate de dejar en la copia de seguridad que hagas el msxboxdash.xbe con su verdadero nombre (xboxdash.xbe).
De todas formas te valdria la copia de seguridad de otra xbox, pero si has borrado C y E y no tienes copia de seguridad no puedes quitarlo porque no te arrancaria la consola desde el disco duro.
Saludos.