es debido a los permisos. Lo suelen crear algunos virus de windows en los pen drives. La forma de borrarlos es desbloquearlo, para mi la forma mas sencilla por consola.
Abres un terminal y escribes: rm -r /ruta/del/fichero
te dira q tu usuario o tiene permisos, si es asi, utiliza sudo rm -r /ruta/del/fichero/
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