Si el VLC te deja desactivarlos es que no están incrustados en el archivo de vídeo, luego hay dos opciones, que no sea cierto que los subtítulos están en el archivo de vídeo, sino en otro archivo aparte, con lo cual bastaría con borrarlo o moverlo a otra carpeta o que el archivo en cuestión no sea un archivo de vídeo sino un contenedor tipo matroska o similar. Supongo que se tratará del segundo caso y supongo también, aunque nunca he necesitado hacerlo, que existirán utilidades para extraer del archivo las partes que no interesen.
En cualquier caso quizá te cueste menos trabajo simplemente probar con otro reproductor como el estupendo KMPlayer y te dejas de problemas.
