Si te sirve de ayuda, hay un programa similar al Partition Magic y gratuito que se llama EASEUS Partition Master. Yo lo he utilizado y tuve el mismo problema que tú, que al conectar el disco duro al PC no me reconocía la partición formateada por el USB Loader. Simplemente cargando el EASEUS ya tienes acceso a la partición "invisible" y la puedes formatear, cambiar, redimensionar, etc...
Un consejo: la partición ha de ser FAT32 y PRIMARIA antes de formatear el disco duro con el USB Loader para que luego no haya problemas en el PC.