Pues yo ando igual que tu, solo he reconstruido un par de isos y lo he hecho en el curro con Windows, pero ahora he probao a rular UMDGen mediante wine, el programa arramca perfectamente, pero el problema es que no me deja arrastrar los archivos dentro de la ventana del UMDGen, voy a ver si es una limitacion o tengo cambiar algo en la configuracion de wine, si consigo algo lo comento.
EDITO: Ya no me acordaba del VcdRomX3.8, lo he probado y funciona perfectamente, en vez de arrastrar, ves a "Edit"->Add Files, todo perfecto.