Realmente saber si el lector ha llegado a estar flasheado puede llegar a ser una misión imposible, eso no quita que pueda tener indicios de estarlo (o haberlo estado) al tener aparentemente dañadas las pegatinas de seguridad.
Dependiendo del modelo del lector (si es de los que hay que cortar pistas) podrías verificar si se ve modificado en algún punto... también te queda la opción de realizarte un backup de alguno de tus juegos y probarlo por ti mismo.
Aunque puede que lo más sencillo, y la solución que te sacaría de tus dudas, es que contactes directamente con el que te vendió la 360. Ya que si físicamente no se puede apreciar si ha sido modificado (por no haber tenido que cortar pistas ni nada) puede que hubiera estado flasheada y ahora le haya puesto el firmware original, con lo que ni extrayendo el firmware para verificarlo, ni probando un backup, podrías realmente verificar si ha estado flasheada anteriormente...