Esta es la forma que uso espero te sirva de algo.
1. me bajo el DVD decrypter de
Aqui
2. Asumo que ya tienes los 2 archivos IMAGE.000 y IMAGE.DVD
Abre el IMAGE.DVD con Notepad o cualquier editor.
3. Corre el DVD decrypter y obra la opcion de TOOLS y luego en Settings.
4. Busca la casilla de SECTORS IN LO: y escribe los numeros que contiene la primera linea del IMAGE.DVD que abriste en notepad. Ejemplo LAYERBRAKE=1913760 solo los numeros Y lugo oprimes OK.
5.Borra la linea LAYERBRAKE completa dejando solo IMAGE.000 y luego oprimes SAVE AS o grabar como, en Notepad. Ojo no lo guardes con el mismo nombre pon el que quieras.
6. y por ultimo selecciona la ventana del DVD decrypter y oprime W esto hara que cambie a modo de escritura. luego oprimes en FILE y luego BROUSE y buscas el archivo que grabaste con el notepad que debe de estar en el mismo archivo de las imagenes.
SI sale este error "Invalid or unsupported image file format!" significa que algo esta mal. si todo esta correcto pedira que introduscas un dvd-DL en Blanco para proceder a quemarlo.
PD. esto no detecta si estan bien las SS.bin, pero todo lo demas SI. y ademas dejas de usar el Clone CD, que apenitas y da errores.