Juanan, el tema de la configuración regional es visual.
No es que cuando configures manualmente la región para que el decimal sera un guión (por poner un carácter raro), el carácter introducido es realmente un guión, sino que, visualmente, es un guión, pero sigue siendo el carácter del decimal.
Lo puedes probar con una hoja de cálculo. Es raro ver como, por ejemplo, la resta (5.14-0.7) =5-14-0-7 da igual a 4-44 (recuerda que hemos cambiado la representación decimal de un punto a un guión), pero funciona exactamente igual. En mi versión de Excel (vieja, muy vieja) hace a veces cosas raras, pero, normalmente, sigue entendiendo cuándo es un decimal y cuándo no, aunque el símbolo de decimal se represente con un guión.
Pero me da que lo que está escribiendo es un texto y quiere que el punto decimal del teclado numérico muestre una coma, lo cual no es posible sin que, como dice alec, use un mapeador de teclas.
Yo en su día usé este (que no digo que sea el mejor, es como cualquier otro). No te pongo su web oficial porque parece que el desarrollador ha desaparecido, pero el ejecutable de la descarga tiene el mismo hash del ejecutable que yo tengo por aquí, así que lo consideraría seguro:
http://key-mapper.software.informer.com/https://virusscan.jotti.org/en-US/files ... wercv34p9d 
,además no hay una tecla extra para la coma. 