Sí, sí que se puede, pero en un sitio ligeramente diferente del 98.
Vete a PANEL DE CONTROL>SISTEMA>PESTAÑA HARDWARE>ADMINISTRADOR DE DISPOSITIVOS>CONTROLADORAS IDE ATA/ATAPI>CANAL IDE PRINCIPAL>PROPIEDADES, y allí en la pestaña CONFIGURACION AVANZADA tienes un par de menús desplegables para configurar las dos unidades del canal primario.
La configuración de las dos unidades del canal secundario están en las propiedades del CANAL IDE SECUNDARIO, obviamente.
Y si no encuentras allí los menús de modos de transferencia es posible que hayas instalado drivers IDE específicos para tu placa sustituyendo los estándar de XP. Si es así imagino que tendrás algún tipo de utilidad específica para poder configurar el DMA de las unidades.