Si se puede, si te fijas en la ayuda del moonshell te dira que creando en la raiz una carpeta "system" para cada skin, entonces metes los skins que quieras - cada uno en su carpeta - y le cambias los nombres a las carpetas "system", "system2", "system3"... y asi, ahora al seleccionar el skin en el moonshell te apareceran los "systems" a escojer.
Checa la ayuda, tb te dice cosas como donde poner el archivo de configuracion para que lo dejes como quieras.
Saludos
