Si es MUY facil
Por lo general vas a partir mp3 que son muchas canciones seguidas verdad?
Pues tienes que seleccionar los tramos, cada cancion, (que estan por lo gral entre los huecos donde el volumen decae) y guardarlos como mp3.
Lo que pasa es que guarda lo que NO has seleccionado; osea, selecciona todo menos la cancion y guardas ese trocito no seleccionado.