¿Cómo has instalado el programa, con el Centro de Software o el gestor de paquetes de Linux Mint? ¿O de otra forma?
Si es lo primero quizá te sirva el comando whereis para encontrar los ejecutables y a partir de ahí ya puedes crear tus accesos directos o entradas de menú. Si lo has hecho siguiendo algún tutorial y no dicen donde se encuentran los ejecutables, un par de ubicaciones comunes son /usr/bin y /opt, fíjate si ahí puedes ver alguna carpeta que se llame retropie o parecido.
¿Tampoco puedes ejecutarlo abriendo una terminal y escribiendo retropie o algo similar?