Sacas el HDD de la PS3 y lo metes en un PC portatil (o uno de mesa con adaptador) y simplemente formateas. No te debe de resultar muy dificil si ya lo has hecho antes eso de formatear
EDITO: Es sorprendente que tu PS3 despues de formatear te siga dando errores. Ahora que lo pienso lo mas provable es que tu HDD esté dañado y si es así no tiene arreglo. A la basura y a comprar otro o mandala al SAT, pero antes compruebalo haciendo un formateos desde el PC. Los HDD se rompen con relativa frecuenci por la presencia de partes mecánicas