Si no es nada de eso, a lo mejor lo que te ocurre es que no te has pasado una fase completa. Me explico, aunque cuando te cargas a todos los enemigos de una zona pone CLEAR, realmente te has pasado eso, una zona, y no una fase. Y las fases son muy largas, y hasta que no te la pasas, cada vez que empiezas de nuevo empiezas al principio de la misma. Esto no ocurre asi con los continues, que te llevan hasta la ultima zona que hayas pasado.
¿Es esto quiza?