Si ya metiste el disco duro en la consola HDL/HDA le aplica el formto necesario, asi cuando lo pones en la PC y usas WinHiip o HDL_Dumx/Dump_GUI te aparece el disco duro de la consola.
Si no le has aplicado formato con el HDL/HDA HDL_Dumx/Dump_GUI no lo reconoceran y solo WinHiip es capaz de darle formato desde la PC. Si le das elñ formato desde la PC primero verifica que no hayas seleccionado el disco donde tienes instalado Windows, ya seleccionado el disco corrceto ve al boton opciones/options y selecciona a 28bitsLBA si tu disco es de menos de 120GB o 48bitsLBA si es mayor de 120GB ahora usa el boton Formatear HD/Format Drive para darle formato al disco.
reinicia el programa y selecciona el disco que diga PS2 y ya solo agrega tus juegos sea desde un archivo ISO/NRG/etc, o desde el lector de CD/DVD.