Basicamente es como ha dicho lordbox. Con el gctool sustituyes la rom del ocarina por la que quieras del mismo tamaño (hay listas de compatibles). Siguiendo estos pasos, creas tantas isos como desees y luego las haces multibot con el programilla de loonycube.
Solo un par de apuntes, hay que cambiar los nombres de las isos en hexadecimal en la iso multi que creemos, de lo contrario, en el menu del viper todos apareceran con el mismo nombre. El otro apunte es que segun tengo entendido NO SE PUEDE GRABAR PARTIDA. Excepto el ocarina, el resto no tienen soporte para memory.
En cualquier caso, directa o indirectamente, este tema ya ha sido debatido en sus dos vertientes en varios post del foro.
Suerte.