Obviamente si no le cambias el nombre y haces referencia a que está parcheado... no creo que puedas saberlo a simple vista.Un ejemplo seria poner: New Super Mario Bros (p).nds (así las que incluyan el (p) significaria que ya la has parcheado.
De todas formas, hace mucho que no parcheo roms, pero ¿no dabas a parchear la rom y directamente te lo metia en la tarjeta mini-microSD?.
Saludos.