dentro de la carpeta linux hay varias carpetas en cada una tienes que poner los archivos que van en cada particion del package (C y E)que quieras meter mediante hotswap, luego vuelves al directorio raiz y ejecutamos el archivo MAKE_ISO_WIN.bat que creara una ISO llamada LINUX, tomamos la ISO y grabamos la imagen como normalmente lo hariamos, ya sea con el NERO o cualquier otro programa(en un cd-r porque los cd-rw no funcionan), y listo ese cd es autoarrancable cuando iniciamos el pc si le tenemos puesto para arrancas desde cd, lee http://www.elotrolado.net/showthread.php?s=&threadid=351234 la primera pag para mas info