Lo mio son los VCD´s pero bueno............
En el VirtualDub puedes sacar el audio, en el menu audio "Full processing mode", "Conversion", seleccionas las caracteristicas (para vcd yo uso 44100 HZ, 16 bit, Stereo), y en Archivo "Save Wav". (en mi P3 600 para una hora y media echa 10 minutos)
Ese audio, si lo unes a la peli,no te dara problemas de sincronia. El tema es que ya no se como puedes unirlo, porque yo uso el tmpgenc para crear vcd´s.
Si eres capaz de unirlo, yo creo que se habran resulto tus problemas