Es que hombre el Movie Maker solo sirve para hacer bulto...
Como te dicen lo mejor es usar un buen programa que te deje hacer el montaje en MP4 con codec de video H264 y audio AAC.
Lo que tiene es que con esa velocidad de subida te interesa que quede lo mas pequeño posible, yo no subiría de 720p y un bitrate de vídeo de 1200kbit, ya sería unos 9~10mbytes por cada minuto de video, tardarías cerca de 2 minutos por cada minuto de vídeo subirlo a youtube