Ayudaria que dijeras qué aplicaciones son las que estas probando, pues aunque tengas los ficheros en la SD, si el programa usa rutas relativas a el directorio de inicio de la aplicacion, se hara un lío al no ser ejecutado desde el homebrew channel.
Esto es lo que veo mas sencillo:
hilo_tutorial-crea-tu-propio-canal-en-wii_1011624nota: las imagenes del paso 5 y 7 estan invertidas.
Contra: no si el wadtool no te crea bien el wad, prueva con otra ID, pues por alguna razon con algunas ID falla al crear el canal.
Si sólo y únicamente quieres cambiar el 01.app, con el pack del hilo del banner en 10 pasos de wichop:
-Metes el wad como in.wad
-Le das a WADunpacker.bat
-Se te crea una carpeta, mueve todo lo de la carpeta al directorio superior (donde estan los programas y la carpeta).
-Sustituye el 01.app
-Ejecuta el WADpacker.bat y ya tienes tu out.wad.