En NTFS no te deja escribir porque eso de momento no se ha conseguido con total seguridad en Linux. La culpa... el código cerrado de MS. Se hace lo que se puede, pero de momento creo que sólo se ha conseguido implementar la escritura sin variar el tamaño del archivo ó algo así... no sé. En cualquier caso no es nada recomendable probar la escritura en NTFS desde linux de momento. Todas las distribuciones, que yo sepa, lo traen deshabilitado en el kernel, por eso no puedes, y como ya te digo, de momento es la mejor opción.
Sobre lo de la partición FAT (con éstas no hay problemas), ¿antes te aparecían esos archivos y ahora no? Recuerda a ver si has tocado algo. Sobre todo el fichero /etc/fstab que es el que controla la configuración de las particiones.
Por cierto, si quieres escribir en esas particiones sin ser root, con añadir la opción "user" a la partición en la que deseas escribir como usuario, te valdrá. Esto último en el /etc/fstab también, por si no me he expresado bien.
Ya nos contarás si consigues solucionarlo. Suerte.
Un saludo.