La verdad es que sí, es una cagada muy grande. No creo que les costase mucho implementar esa función en futuras actualizaciones de la consola, aunque ocupase más espacio de la memoria interna del wiimote.
Bastaría con que te dieran a elegir si meter sólo el mii o también su nivel a la hora de transferir el mii. ¿Que metes ambas cosas? Pues simplemente podrás meter menos miis. No veo el problema.
En fin...