Yo utilizo para eso el fdisk y el format, de MS-DOS que los tengo en un disco de arranque en MS-DOS, aunque no se si en todos los ordenadores se podrá, ya que el mio es algo antiguo.
De todas formas te explico como hacerlo con el fdisk:
Se ejecuta y te aparecen varias opciones, entras en la de eliminar particion (creo que es la 3ª), eliminar partición primaria, eliges una de ellas y confirmas su eliminación, entonces te obligará a salir otra vez al menú principal, repites lo mismo y eliminas la 2ª partición.
Tras haber hecho esto vuelves al menú principal y pinchas en la opción de crear una nueva partición (creo que es la 1ª opción), luego eliges partición primaria, le dices que utilice todo el espacio del disco. Una vez creada el programa te dirá de reiniciar, entonces con el disco de arranque de MS-DOS en la disquetera reinicias, y entras en MS-DOS de nuevo.
Ahora para finalizar haces un format a la unidad que acabas de particionar, y listo.
Espero haberte ayudado,
saludos, hasta luego.