¿Como usar Proton en juegos que no estan en steam?

Usando Lutris puedes hacer lo que dices. No Proton como tal, porque quitaron la opción de usar proton desde Lutris, pero consigues exactamente el mismo resultado. Puedes seleccionar diferentes versiones de Wine, DXVK, etc y te quedan los juegos muy organizados como una tienda más

puedes probar así, teniendo Steam instalado con proton:

PROTON_NO_ESYNC=1 STEAM_COMPAT_CLIENT_INSTALL_PATH=~/.local/share/Steam/ STEAM_COMPAT_DATA_PATH=~/.proton6/ ~/.steam/steam/steamapps/common/Proton\ 6.3/proton run /path_to_.exe