Lo que te bajas de jfiles.org son .pk3, no .wad. Se meten en "Data\jDOOM\Auto" (o "Data\jHeretic\Auto" o "Data\jHexen\Auto", depende de para que juego te hayas bajado el pack)
Lo que te dice de los wad se refiere a los wad originales del juego. Si no recuerdo mal hay una opcion para desactivarlo (mira en las opciones del kickstart)