Y desde otro contenedor (OGM, AVI+STR, etc), si que te carga y visualiza subtitulos correctamente?
Los streams de subtitulos te salen listados en su correspondiente menu?
Yo no he podido ver subtitulos "soft" en VLC, no se si por el modulo de salida de video, por alguna opcion del renderizador de subtitulos, o que... poco me imoprta, con Kaffeine me va de coña, y como 2ª opcion, Mplayer (con KMplayer), que me va perfecto tambien.
Podrias contemplarlos como opciones... o eso, o te peleas con la config de VLC.