no puedes. Samba necesita el kernel de linux cargado para servirte los ficheros, y supongo que tu querras hacer eso desde windows.
si lo que quieres es acceso a particiones EXT2 y EXT3 desde windows, te recomiendo EXT2IFS, que te mapea particiones linux como unidades en MiPC.
si lo que usas es 'reiserFS o XFS', tienes peor suerte, no obstante, puedes usar 'cooperative linux' para arrancar un linux DENTRO de windows y a su vez arrancar samba dentro de ese linux dentro de windows.