Por las particiones en principio no deberias tener problema alguno. Una en wbfs y la otra la formateas con hdd advance por ejemplo.
Una pega seria ir conectando y desconectando el usb.
Las complicaciones radican en que la play2 no tiene soporte (driver) Usb 2.0 sino 1.1 lo que implica que muchos juegos no sean jugables por usbextrem u otro cargador similar.
Bajo mi humilde opinión solo es recomendable si verificas que el backup que quieres jugar de play2 es completamente compatible-funcional con el cargador. La compatibilidad con usbextrem creo que ronda el 60% de los juegos de play2.
Yo lo tuve en mente y al final tengo cada consola con su hdd propio. La play2 es la tocho! no la slim. En que la conexión no es por usb.