Usas dos jdownloader, una para windows y otra para linux, cada una con dos ficheros de configuraciones diferentes,una apuntando a D:/sergio/descargas, y otro a /media/discoD/sergio/descargas (supongo que esta es la ruta en linux)
los demas ficheros que usa de temporales (como links que hay en el capturador de enlaces, o descargas...) linkas los de windows en linux, ya que desde linux no tendras ningun problema en ver los ficheros de cnfiguracion de windows.
Esto en teoria deberia de funcionarte, eso si no tengo ni idea de donde guarda jdownloader la info del directorio de descarga, lo que si que estoy casi seguro es que no es en texto plano, ya que haciendo un: grep -lir "/media/DATOS/descargas" "/home/****/.jd"
Asi que puedes probar a modificar el directorio de descargas y observar que ficheros han cambiado, y se puede observar que el fichero que cambia es .jd/config/database.script, lo cual tiene pinta de guardas mucha mas informacion como puede ser lo que ese esta descargando....
