Si te refieres a los cartuchos originales, todos son compatibles pero hay distinciones entre ellos según el juego. Unos son NTR que funcionan en todos los modelos y otros son TWL (DSi Enhanced) que también funcionan en todos pero estos están planteados en un principio para ser jugados en una DSi y así aprovechar el uso de la cámara en algún modo que tuviera el juego o la posibilidad de conectarte a redes con cifrado WPA/2.
Por ejemplo los Pokémon de 5º generación son TWL y en estos podías conectarte en redes WPA/2 y creo que jugando online con amigos se podía usar la cámara interna que lleva la DSi.