Hola.
Yo tengo una SNES modificada, y efectivamente hay juegos que no funcionan a 60 HZ, un ejemplo podria ser el Terranigma, que si pulsas el boton para los 60 hz el juego deja de funcionar, y tampoco puede empezarse a jugar en este modo.
Otros, te avisan diciendote claramente que tu juego no es compatible con la SNES o Super Famicom, por lo que tendras que apagar la consola y volverla a encender en el modo correcto,
Creo recordar que juegos que dan problemas.... terranigma, Yoshis Island... si quieres puedo probar algunos mas, pero vamos que si no funciona, ya sabes lo que toca