Pues sí. Lo que para la Península es una pronunciación correcta, para nosotros es algo vanal e innecesario. El caso más relevante es el uso de la "s" y la "c-z". El uso de diferentes fonemas para estas dos consonantes tiene una justificación estrictamente ortográfica. Para un español es mucho más fácil saber si una palabra va con "s", "z" o "c" con sólo oirla. Pero este cambio se introdujo en el idioma posteriormente a la colonia, y digamos que jamás llegó o caló de este otro lado. Así la mayoría de las cosas, como el "vosotros" por el "ustedes" y sus respectivas conjugaciones. Digamos que los españoles de la época colonial hablaban más parecido a los latinoamericanos que a los españoles de hoy en día. Por eso en nuestro español coloquial hay tantas estructuras que se consideran arcaicas en la Península. Todavía en muchos pueblos de Latinoamérica se usan los términos "Papa" y "Mama" (a la italiana) en lugar de los afrancesados "Papá" y "Mamá" que usamos hoy, cambios forzados por la familia Borbón.
Técnicamente, todas las diferencias entre el modo de hablar de uno y otro lado del Atlántico fueron introducidas después de la colonia, sólo que estabamos muy lejos, y muy mal comunicados como para ponernos de acuerdo xD.