Entiendo que has hecho el mod de palancas, que es muy sencillo, te paso a comentar como funciona.
Basicamente tienes JP1-2 y JP3-4 que controlan de alguna forma, el didioma JAP-ENG y los HZ 50-60, según como se conmuten con gnd y +5V vamos a tener:
JAP 60 (NTSC-J)
ENG 60 (NTSC-U)
ENG 50 (PAL)
JAP 50 (para que?)
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Había dejado esto abierto y no lo había enviado.
Existe protección regional por software, si el juego detecta que no cuadra idioma y hz te puede dar un aviso, eso sucede al arrancar, creo que era el Sonic 3 por ejemplo tiene protección. Otros son multi, que quiere decir? si arrancas con la consola en JAP, sale en japones, si arrancas en ENG pues ingles, como es el Street of rage 2.
Dices que lo has dejado desconectados? entonces normal que fallen cosas desconectado no esn ni +5V ni GND, es nada... busca un par de switch/palancas y haz el mod correctamente, sino los problemas seguiran. Si lo que quieres es dejar la consola en una región concreta y por tanto sufrif juegos con protección por software, solo tienes que soldar los jumpers a lo que quieres, +5 +5 para NTSC-U
Sí buscas "mod de palancas mega drive 1" tanto por google como youtube te saldran un monton de tutos para hacerlo correctamente, también tienen el switchless pero es mas "complicado" o almenos necesitas mas cosas que dos switch.