Pues te lo explico un poco:
El MGS2 SoL es el Metal Gear Solid 2 y ya esta. El Substance contiene VR Missions, Snake Tales y Snake Skate (o algo asi). Substance es una edición con añadidos de Sons of Liberty. Respecto a idioma, creo (y solo creo) que el Substance si que tiene voces y subtitulos en inglés. Mientras que el SoL no se lo que lleva.
En el MGS3, el Subsistence es una versión mejorada del MGS3, que contiene cámara libre, los 2 primeros Metal Gear (los de la MSX), el juego online (aunque a día de hoy ya no estan los servidores activos) y una "pelicula" de lo que acontece en el juego. Respecto a idiomas, en estos ya no se si son en japonés o inglés. Por lo que dicen los usuarios, el Subsistence está en perfecto japonés, a excepción de los objetos y menús. Voces y dialogos en japonés.
De todas formas, si ya los has jugado, te dará igual en que idioma hablen xD, además, siempre puedes engañar a algún amigo que tenga la PS2 y jugar al MGS3, tienes que hacerlo, ya que es el gran MGS.
Saludos!
Aunque yo los rejugaría para escuchar el magnífico doblaje nipón. 