Con respecto a la SuperCard....

Tienes que tener el mismo nombre tanto para la rom de NDS como para la de GBA. Así, si tienes, por ejemplo, el Dawn of Sorrow.nds.ndq y el Dawn of Sorrow.nds.sav y quieres activar la función de reconocimiento de cartucho con el Aria of Sorrow, tienes que cambiar el nombre de los tres archivos de GBA al mismo que tengan los de NDS.
Son 5 archivos, y tendrían que quedarte así:
-NDS (Castlevania Dawn of Sorrow)
Dawn of Sorrow.nds.ndq
Dawn of Sorrow.nds.sav
-GBA (Castlevania Aria of Sorrow)
Dawn of Sorrow.csi
Dawn of Sorrow.sav
Dawn of Sorrow.gba

Luego, cargas el juego de NDS como siempre, y tiene que cargar consigo el de GBA.
Para eliminar los dummies (datos de relleno) de tus roms de DS, activa la opción "Trim ROM" dándole click derecho al nombre de la rom dentro del programa de la SuperCard. Alternativamente, puedes usar un programa llamado "NDS Rom Cleaner" que, si bien algunas roms no funcionan con él, libera unos cuantos megas más de cada juego. Si ves que funciona bien con este programa, úsalo para todas las roms que tengas. Si prefieres tener unos cuantos megas más pero estar más seguro de la funcionalidad que vaya a tener, usa la opción interna de la SuperCard.
Saludos.

Muchisimas gracias. La verdad es que ya me estaba mosqueando, porque no conseguia hacerlo funcionar de ninguna manera.

Voy a probarlo ya mismo con el Megaman ZX.

Saludos

Vale, mea culpa. Me acabo de enterar de algo importante: La ROM que utilices tiene que ser LIMPIA, es decir, sin ninún parche de ningún estilo. Como la usarías en un emulador de ordeandor.
No sé cómo se hará para pasar pokémons o sacar la armadura OX en el ZX, porque necesitas tener un archivo guardado con esos juegos...
Igualmente, en el Dawn of Sorrow funciona, ya que solamente con el cartucho insertado en el slot 2, sin necesidad de nada más, te dan el "bonus".

Bueno la verdad es que nunca he realizado la union de juegos de DS con GBA, pero si mal no estoy tienes que habilitar en las propiedades del juego de DS la opcion de "enable GBA union" para que todo esto funcione, pero no tengo idea despues de como hacer para cargar uno y otro juego y que se activen los bonus, no se si sera como explica Joey Ravn, pero de que me suena que debe ser activada esta propiedad me suena y mucho.