Manten pulsado el boton sync de la consola varios segundos (creo que 15, puede que 30) hasta que veas que el mando de Wii se desincroniza o apaga. Con esto habrás borrado toda la memoria de mandos y aparatos que estén asociados a la consola (tiene un máximo, creo que 8 y a partir de ahí sólo puedes sincronizar temporalmente los mandos dentro de los propios juegos con el menú home, pero no los memoriza al salir del juego y en este caso el emulador al no ser oficial no tiene acceso al menú home).
Una vez hecho esto, pulsa el botón sync del mando de Wii y a continuación pulsa el botón sync de la consola y espera a que se sincronice. Una vez termine, repite con todos los mandos de Wii que quieras sincronizar uno a uno. Así quedarán asociados en la memoria de Wii.
Prueba a ver si ahora el emulador te reconoce ambos mandos.
Recuerda que en el emulador tienes que configurar que tipo de periférico tienes conectado en cada puerto de la consola emulada. Es decir, en el puerto 2 de la Snes tienes que decirle que tienes conectado un pad o una pistola o un ratón, etc.
